Samacá fue fundada por Fray Juan de los Barrios. en 1556 Su nombre significa "sa" Titulo de Nobleza; "MA" Nombre propio; "CA" Fortaleza y Mansion de un soberano. Fue elevada a la categoria de Municipio en 1775.

En lo que hoy es el Valle de Samacá hubo un gran Lago cocnocido con el nombre indigena "Laguna de Camcicá", cuyo nivel pudo haber llegado hasta la cota de 2.590 mts apróx.; en cuyas orillas habitaban tres tribus: Pataguy, Foacá y Samacá.

Cuenta la historia que en el valle de Samaca, mucho antes de la llegada de los españoles, habitó el cacicazgo independiente de Sáchica, que no rendía tributo al Zaque Qiminchuateca. Este ordenó a los caciques de Ramiriquí, Boyacá, Cucaita, Sora y Samacá expulsar al cacique que vivía en el valle de la Laguna. El grupo de los cinco caciques comandado por Ramiriquí, invadieron el valle, logrando expulsar al cacique de Sáchica quien se ubico donde actualmente se ubica el municipio.

Cuando los conquistadores se asentaron en el valle, desecaron el lago ahondando el desague natural con el objeto de cultivar las área planas.

La invasión de los españoles derrumbó todas las costumbres de la cultura Chibcha y en éste territorio llegaron incluso a degollar al cacique de Samacá ya que fue considerado un peligro de insurrección.

Existen antecedentes históricos como la partida de bautismo registrada en el libro más antiguo que reposa en los archivos parroquiales, y que corresponde a una hija del cacique de Foacá, apadrinada por el cacique de Samacá. Igualmente hay hallazgos arqueológicos de algunos restos humanos y cerámicas en arcilla y piedra de un cementerio indigena ubicado en la vereda Tibaquira sector Venado.